Pierwszy solowy album Stubblefielda zatytułowany „The Revenge of the Funky Drummer” został wydany w 1997, którego produkcją zajął się Richard Mazda. W 2002 roku wydał album „The Original Funky Drummer Breakbeat Album” zawierający 26 utworów, w których zawarta była wyłącznie perkusja. Rok później wydał album „The Original” za którego produkcję odpowiadał Leo Sidran.
Razem z Johnem Starksem jako grupa Funkmasters wydali dwa albumy – w 2001 roku „Find the Groove” oraz w 2006 „Come Get Summa This”. W 2007 roku, duet dołączył do koncertu Bootsy'ego Collinsa w Kentucky zorganizowanym ku pamięci Jamesa Browna. Obydwaj byli perkusistami na albumie byłego członka zespołu Jamesa Browna, Freda Wesleya na jego albumie „Funk for Your Ass” wydanym w 2008 roku.
W 2009 roku Clyde Stubblefield musiał pilnie przejść transplantację nerki. Muzycy w Madison zorganizowali zbiórkę pieniędzy, z której dochód przekazali Stubblefieldowi na dalsze leczenie. Jego żona, Jody Hannon, była najważniejszą mu wtedy osobą, odpowiadającą za dalsze leczenie.
W 2015 roku został uruchomiony fundusz dający stypendia uczniom kształtującym się muzycznie, który został nazwany jego nazwiskiem.