W wyniku reorganizacji, w marcu 1919, wraz z Sekcją Kolejową, Sekcja Automobilowa weszła w skład nowo utworzonego Departamentu Komunikacyjnego, a od maja, już jako Sekcja Samochodowa, umiejscowiona została w Departamencie Techniczno-Komunikacyjnym. Na jej czele stanął mjr Mieczysław Nowicki. Od lutego 1920 Sekcja Samochodowa weszła w skład Departamentu II Wojsk Technicznych.W czerwcu 1919 w ramach MSWojsk. funkcjonował też Inspektorat Wojsk Samochodowych kierowany przez kpt. Kazimierza Kristmam-Dobrzańskiego, a następnie przez ppłk. Wincentego Podgurskiego. Obie te instytucje zobowiązane były do współdziałania, a ich zakres kompetencji był podobny.
Wojska samochodowe podporządkowane były też Naczelnemu Dowództwu Wojska Polskiego. Do marca 1919 podlegały Sztabowi Generalnemu, a za ich funkcjonowanie odpowiadał Oddział IV Techniczny tej instytucji, a później Oddział IV Kwatermistrzostwa.
Jednostki wojsk samochodowych thumb|To, z czego powstały Centralne Składy Samochodowe. thumb|Zapasy zdemontowanego taboru samochodowego thumb|Hala montażowa warsztatów krakowskiego dyonu samochodowego Pierwsze jednostki samochodowe powstały samorzutnie w pierwszych dniach listopada 1918.