Działał także jako wykładowca i skarbnik w konspiracyjnej Szkole Głównej Handlowej, występującej oficjalnie pod nazwą Miejskiej Szkoły Handlowej.
W ramach Biura Kontroli i Finansów, którym przez cały okres okupacji dowodził podpułkownik Stanisław Thun, stworzono szereg wydziałów: Sekretariat, Kasę Główną, Centralną Księgowość, którą kierował por. dr Andrzej Bieniek, Wydział Kas Podręcznych i Walutowych, Wydział Kas Depozytowych, Wydział Kontroli i Zaopatrzenia, Wydział Produkcji Banknotów (fałszywych), Centralną Opiekę Podziemną (opieka nad uwięzionymi i ich rodzinami, wysyłanie paczek do więzień i obozów, czasem próby wykupu uwięzionych), Wydział Inwestycji i Zakupów zajmujący się skrytkami, Zespół Ochrony i Transportu (transport pieniędzy i ich ochrona), Przedsiębiorstwa (legalnie działające firmy, pod których szyldem działała Armia Krajowa) i Magazyny. Armia Krajowa cechowała się zatem wieloszczeblową i skomplikowaną strukturą zarządzania. Wiedza głównego księgowego, którym był Andrzej Bieniek, musiała być zatem rozległa.