Napisał także książkę Wired na temat narkotykowej kultury Hollywood i śmierci aktora Johna Belushiego.

W serii artykułów ze stycznia 2002 wraz z Danem Balzem opisał wydarzenia z Camp David w następstwie ataków z 11 września 2001 (wspominali o koncepcji Worldwide Attack Matrix).

Czterokrotnie przeprowadzał wywiady z George’em W. Bushem, które łącznie przyniosły ponad siedem godzin nagrań. Na ich podstawie napisał książki Bush at War (2002; wyd. pol. Wojna Busha, Magnum 2003) oraz Plan of Attack (2004; wyd. pol. Plan ataku, Magnum, 2004) będące sprawozdaniami z prezydentury Busha i zawierające opis planów odpowiedzi Białego Domu na ataki z 11 września oraz wojen w Afganistanie i Iraku. Natomiast w książce The Secret Man opisał swoje relacje z Markiem Feltem.

14 listopada 2005 Woodward złożył dwugodzinne zeznania przed specjalnym prokuratorem Patrickiem Fitzgeraldem badającym sprawę Valerie Plame, agentki CIA, której tożsamość została ujawniona 14 lipca 2003 przez współpracownika wiceprezydenta Dicka Cheneya – Lewisa „Scootera” Libby’ego, w następstwie opublikowania przez jej męża, Josepha C. Wilsona, informacji, że atak na Irak był podjęty na podstawie fałszywej przesłanki o broni masowego rażenia.