Cissé został wybrany na trzeciego wiceprzewodniczącego ADEMA-PASJ na pierwszym nadzwyczajnym kongresie partii, który odbył się w dniach 25–28 listopada 2000 r. W styczniu 2002 roku zrezygnował z pracy w rządzie, aby poświęcić się przygotowaniom do wyborów prezydenckich w 2002 roku, a ADEMA–PASJ wybrała go na swojego kandydata na następcę Alpha Oumar Konaré. Cissé zajął drugie miejsce w pierwszej turze wyborów z 21,31% głosów, ale przegrał z Amadou Toumani Touré w drugiej turze, zdobywając 34,99% głosów.
Cissé opowiedział się przeciwko zamachowi stanu w Mali z 2012 r. i został ciężko ranny 18 kwietnia, gdy rebelianci zaatakowali go w jego domu. Kolejny okres spędził we Francji i Senegalu.
Cissé kandydował w wyborach prezydenckich w Mali w 2013 roku. W drugiej rundzie przegrał z Ibrahimem Boubacarem Keïtą, Cissé kandydował w wyborach prezydenckich w Mali w 2018 roku. Po raz kolejny przegrał w drugiej turze z Ibrahimem Boubacarem Keïtą i uzyskał 32% głosów.