Już na progu panowania starała się namówić męża do radykalnych rozwiązań względem jego przyrodnich braci, chcąc doprowadzić do opanowania wszystkich dzielnic Polski.
Pragnąc wzmocnić władzę Babenbergów poprzez swego męża Władysława Wygnańca doprowadziła do upadku jednego z najpotężniejszych w kraju wielmożów – Piotra Włostowica, który za poparcie udzielone juniorom (tj. Bolesławowi IV Kędzierzawemu i Mieszkowi III Staremu oraz wsparcie Jaksy z Kopanicy - brakteaty którego bite były w mennicy Włostowica) został oślepiony, okaleczony i wygnany. Ze sprawą tą wiąże się legenda mówiąca, że Agnieszka miała w tym cel osobisty z powodu pomówienia jej przez Piotra o zdradę Władysława z pewnym rycerzem niemieckim, jednak współczesna historiografia, jako że historia ta nie ma potwierdzenia, raczej przekaz odrzuca.
Bezkompromisowa polityka Władysława II i Agnieszki doprowadziła w początkach 1146 do klęski militarnej ich wojsk pod Poznaniem. Agnieszka wraz z dziećmi, chcąc ratować chociaż część władzy męża, który podążył do Niemiec po pomoc, schroniła się w Krakowie, gdzie przez jakiś czas opierała się oddziałom juniorów na Wawelu. Brak możliwości odsieczy skłonił ją jednak do wyjazdu za mężem.