W trakcie tej przeprawy, nad jeziorem Valencia, Humboldt jako jeden z pierwszych naukowców zauważył i opisał wpływ działalności człowieka na stan przyrody.
Następnie, w okolicach miejscowości Calabozo, Humboldt wraz z Bonplandem dokonali serii forsownych doświadczeń z wykorzystaniem żyjących w okolicznych rzekach węgorzy elektrycznych. W marcu 1800 r. ekspedycja dotarła do misji kapucyńskiej w San Fernando de Apure, a następnie ruszyła w górę rzeki Orinoko. Jednym z głównych celów wyprawy było zbadanie możliwości przepływu między Orinoko i Amazonką. Humboldt opracował wówczas dokładną mapę systemu dopływów tych rzek. Po sześciu miesiącach członkowie ekspedycji powrócili do Cumany, skąd wyruszyli na Kubę. Po dotarciu na wyspę Humboldt i Bonpland wysłali drogą morską do Europy część zgromadzonych podczas ekspedycji zbiorów przyrodniczych.