Mistrzostwa Estonii w sezonie 1939/40 zostały zawieszone, tak jak 17 czerwca 1940 wojska radzieckie wkraczają do Estonii, a następnie została utworzona Estońska SRR w składzie ZSRR. W sezonie 1941 mistrzostwa Estońskiej SRR nie dokończono przez okupację niemiecką. W 1942 i 1943 rozgrywki o mistrzostwo Estonii zostały wznowione, ale w 1944 znów zawieszone z powodu ataku Armii Radzieckiej, w wyniku którego ZSRR ponownie okupują Estonię. W 1945 ponownie startują mistrzostwa Estońskiej SRR. To nie były pełnowartościowe mistrzostwa tak jak najlepsze kluby kraju uczestniczyły w mistrzostwach ZSRR. W 1990 dodatkowo organizowano rozgrywki Baltic League, w których uczestniczyły m.in. najlepsze drużyny Estońskiej SRR - Sport Tallinn i ASK Fosforit Tallinn, który wycofał się z turnieju po 13 meczach.
20 sierpnia 1991 – po puczu Janajewa Estonia deklaruje niepodległość, 6 września uznaną przez ZSRR.
Rozgrywki najwyższej ligi zwanej Meistriliiga w obecnym formacie zainaugurowano w sezonie 1992.