Na mocy pokoju w Cieszynie w 1779 utrzymano unię palatynacko-bawarską. Liczebność kurii spadła znów do ośmiu członków (podwójny głos jednego elektora był nie do pomyślenia). Po klęsce cesarza Franciszka II w walce z Francją pod Hohenlinden (1800 r.) państwa niemieckie weszły w orbitę wpływów Napoleona Bonaparte. W 1803 Sejm Rzeszy podjął reformy zgodne z zamysłami tego ostatniego. Zlikwidowano elektoraty koloński i trewirski (księstwa arcybiskupie zostały zsekularyzowane). Nowe godności elektorskie nadano księciu Wirtembergii Fryderykowi II, margrabiemu Badenii Karolowi Fryderykowi, landgrafowi Hesji-Kassel Wilhelmowi IX i wielkiemu księciu Salzburga Ferdynandowi I. W 1805 Napoleon pokonał Austriaków i Rosjan pod Austerlitz. Na mocy pokoju w Preszburgu cesarz Franciszek II musiał odstąpić liczne terytoria Francji i Bawarii, ale otrzymał Salzburg. Ferdynand I otrzymał Wielkie Księstwo Würzburga i zachował tytuł elektorski.
W 1806 większość książąt niemieckich zawiązała Związek Reński i poddała się protektoratowi Napoleona, ogłaszając jednocześnie secesję (wyjście) ze Świętego Cesarstwa Rzymskiego.