Występowała jako przedstawicielka ojca w kontaktach między Ferrarą a Francją.
W lutym 1563 jej mąż został zamordowany. Podczas gdy morderca został szybko ujęty i skazany na karę śmierci, Anna szukała możliwości pozwania lidera francuskich hugenotów, Gasparda de Coligny, którego uważała za odpowiedzialnego za śmierć męża. W ciągu następnych 3 lat wnosiła petycje do króla i pozwy sądowe. W styczniu 1566 rada królewska uznała oskarżonego niewinnym. Większość współczesnych uważała ją za stojącą za zamachem na Coligny’ego (22 sierpnia 1572), który stał się sygnałem do rozpoczęcia nocy św. Bartłomieja.
W dniu 29 kwietnia 1566 poślubiła Jacques’a (Jakuba) Sabaudzkiego, księcia Nemours i Genevois w Sabaudii. Odtąd większość czasu spędzała w Annecy lub w między księstwem Genevois a dworem francuskim. Pośredniczyła między mężem a księciem Sabaudii podczas sporów politycznych. Piastowała stanowisko na dworze francuskim. Promowała kariery swoich synów, pomagała klientom w utrzymaniu się. Uczestniczyła w najważniejszych oficjalnych uroczystościach na dworze.
Po śmierci męża (1585) zamieszkała w Paryżu, w należącym do niej Hôtel de Nemours, na lewym brzegu Sekwany, przy dzisiejszej Rue Séguier.