Zmarła przy porodzie w wieku 30 lat. Syn urodził się martwy. Oboje 15 czerwca 1759 zostali pochowani na cmentarzu przy kościele Christianskirche w Ottensen. Siostra Margarety, Elisabeth Schmidt, wraz z Cathariną Margarethą Dimpfel z Mollerów 6 grudnia 1759 posadziły przy grobie dwie lipy. Zachowała się jedna z nich.
W 15. pieśni Mesjady pojawia się opis śmierci Cidlis, który Klopstock oparł na śmierci żony. Kiedy w 1803 zmarł, został pochowany obok żony i syna.
Twórczość literacka Wydawała swoje pisma pod pseudonimem Margaretha. W listach między małżonkami, które się zachowały, widać typowe cechy okresu rokoko: figlarne formy, zefiry, gracje, sylfy, gołębica anakreontyczna. Tematem często była radość życia, zabawa na sankach, jazda na łyżwach. Flirt to podstawą wielu listów miłosnych między małżonkami. Jednocześnie w listach Margarety zauważyć można wrażliwość, sentymentalną poetykę (nagromadzenie emocjonalnych wykrzykników) oraz narastający z czasem realizm opisów i liczne anegdoty.
Margareta nie planowała publikacji listów, choć są one, jak generalnie epistolografia epoki, artystycznymi dziełami, które czytało się w kręgu znajomych}. Jest uważana za najwybitniejszą autorkę listów swoich czasów.