Powoływano też prokuraturę wojskową, w tym Naczelnego Prokuratora Wojska Polskiego. Został nim dotychczasowy szef Departamentu Wojskowo-Prawnego gen. Aleksander Pik. Ustawa ustanawiała też oficerski korpus sądowy. Dekretem Naczelnego Wodza z 5 lutego 1919 wprowadzono ustawę O Wojennych Sądach Doraźnych. W myśl Ustawy, w jurysdykcji sądów doraźnych znaleźli się zarówno żołnierze oddziałów wojskowych operujących na obszarze, na którym ogłoszono stan wojenny lub stan wyjątkowy, ale także i ludność cywilna zamieszkała na tych terenach. Dowodów dostarczał zazwyczaj aparat wywiadowczy podległy ND WP i MSWojsk. Do wstępnych działań dochodzeniowych wykorzystywano też Żandarmerię Polową. Ustawa O Wojennych Sądach Doraźnych spotkała się z ostrą krytyką Sejmu i została przez parlament uchylona. W związku z tym, pod koniec lipca 1919, MSWojsk. uchyliło też zapisy Instrukcji dla Sądów Doraźnych z 31 marca 1919.