Ostrygojad nowozelandzki bywał dawniej uznawany za odmianę srokatą ostrygojada zmiennego (H. unicolor). Współcześnie wiadomo, że są to jednak gatunki siostrzane, których linie rozwojowe rozeszły się stosunkowo niedawno. Na Wyspie Północnej i Południowej występują dwa gatunki ostrygojadów: ostrygojad zmienny na obydwu i ostrygojad nowozelandzki głównie na Południowej w trakcie lęgów oraz na obydwu w okresie zimowym. Izolacja genetyczna między ich populacjami utrzymuje się dzięki międzygatunkowym różnicom w preferencjach środowiskowych, zajmowanych niszach ekologicznych, wymaganiach pokarmowych, biologii lęgowej i systemie kojarzenia. Ostrygojad krótkodzioby ma cechy pośrednie między nimi.
Filogeneza Wyniki badań genetycznych opublikowane w 2007 potwierdziły odrębność gatunkową zarówno ostrygojada nowozelandzkiego, jak i ostrygojada krótkodziobego (H. chathamensis) zamieszkującego Wyspy Chatham, którego status również był niepewny. Materiały obejmowały dość krótkie sekwencje z czterech regionów mtDNA, były to jednak wstępne badania. Łączna długość sekwencji wyniosła 1733 nukleotydy. Między ostrygojadem zmiennym i nowozelandzkim nie było żadnych różnic, między zmiennym a krótkodziobym – różnice w 9 nukleotydach, a między zmiennym i zwyczajnym – w 12 miejscach.