Po jego powrocie wspólnie prowadzili cukrownię w Leśmierzu. Około 1840 Wilhelm Werner przejął cukrownię w całości. Był też właścicielem majątków ziemskich, m.in. Lućmierza i Puczniewa.
Werner sfinansował około 80% kosztów budowy kościoła ewangelicko-augsburskiego w Ozorkowie. Nie dożył dnia pierwszej mszy w kościele. W obiekcie znajduje się tablica pamiątkowa poświęcona Wilhelmowi Wernerowi.
Po śmierci Wernera w 1842 zarząd nad jego majątkiem przejęła żona Matylda Ritzenstein. Został pochowany w Grobowcu Wernerów na cmentarzu ewangelicko-augsburskim w Ozorkowie.
Zachował się dom Wernerów z 1821, położony przy ul. Wigury 7 w Ozorkowie.
Życie prywatne Wilhelm Werner był czwartym z 12 dzieci Samuela Fryderyka Wernera i Anny Rozyny z d. MeisnerPaweł Andrzej Górny, Robert Sebastian Łuczak, Dzieje Ozorkowa na podstawie historii społeczności ewangelicko-augsburskiej, Łódź 2009.. Wernerowie byli spolonizowanymi Niemcami przybyłymi na ziemie polskie w XVIII w. z Saksonii.