Zmarł w urzędzie 21 grudnia 2006 roku i został pochowany w rodzinnej miejscowości.
Po śmierci Nyýazowa w kraju odbyły się wybory prezydenckie, które miały miejsce 11 lutego 2007 roku. Z jedenastu pretendentów zatwierdzonych zostało sześciu kandydatów (wszyscy byli członkami Demokratycznej Partii Turkmenistanu): Amanýaz Atajykow, członek parlamentu oraz zastępca gubernatora prowincji Daszoguz, Gurbanguly Berdimuhamedow, p.o. prezydenta, wcześniej wicepremier i minister zdrowia, Orazmyrat Garajaýew, burmistrz miasta Abadan, Muhammetnazar Gurbanow, przewodniczący regionu Garabekewul, Işanguly Nuryýew, wiceminister do spraw gospodarki gazem i zasobami naturalnymi, Aşyrnyýaz Pomanow, burmistrz Turkmenbaszy. Poparcie władz partyjnych i państwowych uzyskał Gurbanguly Berdimuhamedow, a kandydat opozycjonistów (w większości przebywających na uchodźstwie), , nie został dopuszczony. W wyniku wyborów wybrano na prezydenta Gurbanguly’ego Berdimuhamedowa. Zdobył on oficjalnie 89% głosów przy udziale 95% uprawnionych. Jednak niezależni zachodni obserwatorzy uznali wybory za sfałszowane. Został zaprzysiężony na prezydenta 14 lutego 2007 roku. Tydzień później został wybrany na przewodniczącego izby wyższej parlamentu. Był jedynym kandydatem.