Po wybuchu II wojny światowej bezskutecznie próbował uciec do ZSRR. Ostatecznie powrócił do Warszawy i trafił do getta warszawskiego, gdzie żył w skrajnej biedzie i zmagał się z chorobą głodową. Dzięki pomocy Racheli Auerbach korzystał przez pewien czas z działających w getcie kuchni ludowych, a później dzięki wsparciu Aurebach i Josefa Kirmana, którzy zaalarmowali Żydowską Samopomoc Społeczną o złym stanie poety – trafił do jednego z szopów i został umieszczony w hospicjum dla uchodźców. Sztern brał udział w urządzanych w getcie wieczorach literackich. Według Auerbach w trakcie akcji deportacyjnej w getcie Sztern zdołał dołączyć do jednego z komand roboczych, jednak został wyznaczony do wywózki w trakcie tzw. dzikiej blokady, gdy w ramach uzupełniania braków na Umschlagplatzu kierowano tam bezpośrednio także komanda robocze wracające do getta ze strony aryjskiej. Zginął prawdopodobnie w obozie zagłady w TreblinceAleksandra Bańkowska, Tadeusz Epsztein (opr.) – Archiwum Ringelbluma. Konspiracyjne Archiwum Getta Warszawy, tom 11, Ludzie i prace "Oneg Szabat" (Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2013) str. 162 w sierpniu 1942 lub według innej wersji jeszcze w Warszawie w trakcie akcji deportacyjnej. Jako możliwy rok śmierci podaje się również 1943. Większość jego rękopisów zaginęła.