Metal Gear 2: Solid Snake – kontynuacja popularnej gry skradankowej z 1987 roku Metal Gear. Gracz ponownie wciela się w postać Solid Snake’a, który tym razem ma za zadanie uratować dr. Kio Marva, wynalazcę nowego paliwa z opresji w militarnej nacji Zanzibarland mającej zamiar użyć tego zasobu w terrorystycznych celach.
Fabuła Wydarzenia w Zanzibar Landzie Rok 1999, świat miota się w wyniku kryzysu paliwowego. Rzeczą oczywistą było, iż złoża ropy naftowej wyczerpią się wcześniej czy później – dokładnie: wcześniej, niż się spodziewano. Niestety, konstrukcje alternatywnych źródeł energii są niewystarczające, a budowa takiego, które mogłoby przynieść rozwiązanie problemu, jest daleka od ukończenia. Ceny ropy naftowej strzeliły w górę, rynki odpowiedziały chaosem. Jednakże wynalazek jednego człowieka może zmienić całą sytuację.
Dr Kio Marv, Czech, genialny biolog, wynalazł OILIX – mikroorganizm przetwarzający ropę naftową na pełnowartościowe paliwo. Zysk jest oczywisty – rafinerie stają się zbędne. Cały świat napełnia się nadzieją na zażegnanie kryzysu paliwowego.
Podczas gdy uwaga całego świata zwrócona jest na OILIX, Dr Marv zostaje uprowadzony w tajemniczych okolicznościach. Wybucha międzynarodowy skandal i natychmiast rozpoczyna się śledztwo w tej sprawie.