Na początku XV wieku prócz trędowatych zaczęto przyjmować pod opiekę Szpitalników świętego Łazarza także innych chorych, choć trędowaci byli tu pacjentami jeszcze w 1540, kiedy wspomniano o nich w kolejnych zachowanych archiwaliach.
W czasie próby sił sprzymierzonych wojsk polsko-czeskich (Władysława Jagiellończyka, króla Czech i jego ojca Kazimierza, króla polskiego) z węgierskimi 27 października 1474 kościół św. Łazarza stał się umocnionym punktem dowodzenia nacierającego od strony pobliskiej wsi Święta Katarzyna króla węgierskiego Macieja Korwina.
Blisko trzy wieki później w pobliżu kościoła rozlokowała się artyleria wojsk pruskich pod sztandarami Hohenzollernów, które oblegały miasto i stąd 9 grudnia 1757 ostrzeliwała jego obrońców, poddanych Habsburgów. W czasie tej bitwy uszkodzony został zachodni szczyt kościoła.