Międzygórze zostało wymodelowane w seriach fliszowych o mniejszej odporności na procesy denudacyjne niż budulce skalne regionów sąsiednich, w strefie nasunięcia płaszczowiny magurskiej na śląską – głównie w łupkach. Bardziej odporne wstawki piaskowcowe ostały się jako twardzielcowe wzniesienia. Deniwelacje osiągają wartości rzędu 100–300 m. Ważniejszymi kulminacjami są polska Ochodzita (895 m, najwyższy szczyt regionu) i czeska Girowa (840 m).
Oprócz administracyjnych granic trzech państw wspomnianych na wstępie, zbiegają się tutaj także granice zlewni Wisły, Odry, i Dunaju, a konkretnie Soły, Olzy i Kisucy. W pokryciu terenu przeważają lasy z nadreprezentacją świerka wśród naturalnych siedlisk bukowo-jodłowych, choć udział obszarów rolnych, przede wszystkim użytków zielonych, jest większy niż przeciętnie w Beskidach. Polska część regionu leży w zasięgu otuliny Żywieckiego Parku Krajobrazowego.