Swobodny system walki znany z innych gier z serii został stworzony od podstaw. Batman porusza się od lewej do prawej, mogąc jednak znaleźć się również na pierwszym planie albo w tle. Reżyser Blackgate, Mark Pacini, stwierdził, że do trybów łowcy i detektywa dodano kilka nowych warstw. Gracze mogą zobaczyć pole widzenia wrogów, co pozwala ocenić, czy Batman jest widoczny dla wrogów, czy nie. W trybie detektywa kolor Batmana zmienia się, w zależności od tego, jak blisko znajduje się wrogów bądź wykrycia przez nich. W grze obecne są również wyższe punkty, kratki podłogowe, ciche powalenia, szybowanie, wykorzystywanie broni i osłabione ściany.
W Blackgate dostępne są zadania poboczne, umożliwiające graczowi poskładanie w całość wydarzeń, które doprowadziły do wybuchu i masowej ucieczki. Projekt poziomów umożliwia walkę z bossami w dowolnej kolejności i w dowolnym momencie, w związku z czym w grze pojawia się kilka zakończeń, zależnych od tego, który boss został pokonany jako ostatni. Batman ma również dostęp do różnych strojów o innych atrybutach, które odblokowywane są wraz z postępami w grze.