W 1960 roku otrzymała Nagrodę m.st. Warszawy „za budowę Stolicy”. W latach 1961–1969 (III i IV kadencja) była radną Rady Narodowej miasta stołecznego Warszawy. Uzyskała odznaczenia: Srebrną Odznakę SARP (1954), Medal 10-lecia Polski Ludowej (1955)Obwieszczenie Prezesa Rady Ministrów z dnia 21 stycznia 1956 r. Lista osób odznaczonych „Medalem 10-lecia Polski Ludowej” ., Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1964), Złotą Odznakę honorową „Za Zasługi dla Warszawy” (1965) i Odznakę „Milionera” (1974). Szkoła przy ul. Piaseczyńskiej w Warszawie, którą zaprojektowała, otrzymała tytuł Mistera Warszawy 1967. W 1980 roku Zofia Fafius uzyskała status architekta twórcy.
Zmarła w Warszawie, pochowana na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 15-3-12).
Projekty architektoniczne thumb|Szkoła przy ul. Piaseczyńskiej 114/116 w Warszawie, która uzyskała tytuł Mistera Warszawy 1967 Budynek konsulatu Jugosławii w Warszawie (wybudowany w latach 1948–1958) Willa rodziny Oskara Sosnowskiego przy ul. Myśliwieckiej 18 w Warszawie (1949–1952). Dom mieszkalny przy ul. Brackiej 5 w Warszawie (1949–1951) Dom mieszkalny przy ul. Kruczej 7 w Warszawie (1949–1952) Budynek szkoły tysiąclecia przy ul. Elektoralnej 5/7 w Warszawie (1959) mieszczący Liceum Ogólnokształcące im.