W 1946 roku przy 57. Pułku Piechoty powstał klub WKS Suwałki (Wojskowy Klub Sportowy Suwałki). Drużyna ta, zajęła trzecie miejsce w finale mistrzostw okręgu białostockiego (drugi stopień rozgrywek ligowych w Polsce). Rok później, zespół przyjął nazwę WKS Wigry Suwałki – tę datę dzisiaj przyjmuje się za oficjalne utworzenie klubu. Drużyna pod nowym szyldem wywalczyła drugie miejsce w A Klasie mistrzostw okręgu białostockiego (drugi stopień rozgrywek ligowych). Rok później zajęła miejsce czwarte i nie wywalczyła awansu ani do I ligi ani do startującej od przyszłego sezonu II ligi. Tym samym w kolejnym sezonie (1949) zespół grał dalej w A Klasie mistrzostw okręgu białostockiego, ale która stanowiła już trzeci stopień rozgrywek ligowych. Zespół zajął w tamtym sezonie czwarte miejsce.
Lata sześćdziesiąte XX w. to dla Wigier okres w którym były średniakiem ligi okręgowej (z początku III stopnia rozgrywek w kraju, od sezonu 1966/67 IV stopnia rozgrywek w kraju). Suwalczanie notowali miejsca najczęściej poza podium ligowej klasyfikacji. Lepsze wyniki zaczęli osiągać dopiero pod koniec dekady, kiedy to dwukrotnie zwyciężyli w finale szczebla wojewódzkiego Pucharu Polski i zajęli drugie miejsce w lidze.