W dobie reformacji stał się częścią parafii luterańskiej, od 1539 r. przez 20 lat służył wyłącznie do pogrzebów, odprawianie mszy wznowiono dopiero w 1559 r. Pod koniec XVI wieku w związku ze zmianą przebiegu murów miejskich znalazł się w obrębie ścisłego miasta, co walnie przyczyniło się do decyzji Augusta Mocnego w 1714 r., o stopniowej likwidacji cmentarza przykościelnego z powodów higienicznych oraz urbanistycznych. W jej trakcie wiele grobów bezpowrotnie zaginęło.
Na początku XVIII wieku liczba wiernych rosła coraz szybciej, nie było już jednak możliwości dalszej rozbudowy kościoła, co więcej, ponieważ od ostatniego poważnego remontu minęło sporo czasu, jego konstrukcja, mocno zaniedbana, groziła katastrofą budowlaną.
Kościół barokowy projektu George’a Bähra thumb|Neumarkt w Dreźnie na obrazie Canaletta thumb|Frauenkirche, ok. 1875 thumb|Frauenkirche, ok. 1897