W latach 1991–2000 był członkiem grupy roboczej Komisji Praw Człowieka ONZ, zajmującej się nieuzasadnionymi zatrzymaniami. W 1998 został pełnomocnikiem rządu czeskiego ds. praw człowieka, pełnił także funkcję przewodniczącego Komitetu Rady Ministrów ds. Narodowości i Komisji Międzyresortowej ds. Społeczności Romskiej. Z funkcji tych zrezygnował w 2001, po tym jak jego żona, Anna Šabatová została zastępcą rzecznika praw obywatelskich. Od 2001 do 2006 publikował w dzienniku Pravo.
W latach 2002–2007 był członkiem Partii Zielonych. W 2002 został przewodniczącym Komitetu Przeciwko Torturom stanowiącego organ doradczy Rady Praw Człowieka (przy rządzie czeskim), w 2004 został przedstawicielem rządu czeskiego w radzie European Monitoring Centre on Racism and Xenophobia stanowiącej organ doradczy Komisji Europejskiej. W 2006 został członkiem Rady Praw Człowieka, zajmował się tam przede wszystkim więziennictwem. W latach 2003–2009 był członkiem Rady Telewizji Czeskiej.
W 2000 został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Zasługi RP.Odznaczenia w pałacu Prezydenckim.