18 km od Zielonej Góry kierował partyzantami w pierwszym okresie walk. 4 października zdobył silnie obsadzony gród kościański (bitwa pod Kościanem), wybijając załogę szwedzką, następnie rozbił oddział landgrafa heskíego Fryderyka Hessen Eschweg, szwagra Karola Gustawa i zbiegł na Śląsk, gdzie przebywał prawdopodobnie do końca 1655 roku.
Sukces Krzysztofa Żegockiego stanowił dla Szwedów dotkliwy cios, a sam Żegocki otrzymał od króla nominację na pułkownika. 16 listopada otrzymał polecenie udania się z odsieczą klasztorowi jasnogórskiemu. Jednocześnie umożliwił wyjście króla Jana Kazimierza z Żywca w kierunku Spisza i Orawy. Pod koniec grudnia udał się w kierunku Jasnej Góry. Według wielu badaczy groźba ataku Żegockiego zmusiła Szwedów do odstąpienia od oblężenia Jasnej Góry. Po powrocie ze Śląska dowodził krótko partyzantką w Żywieckiem, a także stoczył potyczki pod Krakowem, Czarnym Ostrowem, Wieluniem, Piotrkowem i Magierowem. W lecie 1656 roku pojawił się w okolicach Poznania, uniemożliwiając przez kilka miesięcy załodze szwedzkiej zaopatrywanie się w żywność. Przez cały okres „potopu” działalność jego była niezwykle skuteczna. Później brał udział w walkach na terenie Brandenburgii, dotarł do Danii. W końcu 1658 roku wrócił do kraju, a jego udział w wojnie zakończył się.