Dopiero w 1666 roku król nadał Żegockiemu nominację na wojewodę inowrocławskiego, choć decyzja Jana Kazimierza spotkała się z krytyką szlachty kujawskiej. Na sejmie abdykacyjnym 16 września 1668 roku podpisał akt potwierdzający abdykację Jana II Kazimierza WazyVolumina Legum, t. IV, Petersburg 1860, 481..
Po śmierci żony (1667/68) przyjął święcenia kapłańskie, decydując się na służbę Kościołowi. Był elektorem Michała Korybuta Wiśniowieckiego z województwa inowrocławskiego w 1669 rokuSvffragia Woiewodztw y Ziem Koronnych y Wielkiego Xięstwa Litewskiego, Zgodnie na Naiaśnieyßego Michała Korybvtha, Obranego Krola Polskiego [....] Dnia dziewiętnastego Czerwca, Roku 1669, [b.n.s]. Szybko awansował w hierarchii, już w 1669 roku otrzymał stanowisko biskupa chełmskiego (30 stycznia 1670–1673). Na krótko przed śmiercią otrzymał nominację na biskupa kujawskiego. Jako biskup był bardzo sumiennym rządcą, jednocześnie poszerzał swą wiedzę teologiczną. Swoje rządy rozpoczął od wizytacji diecezji, chcąc zorientować się w sprawach wymagających pilnego załatwienia. Wciąż przecież dawały znać o sobie skutki powstań kozackich i potopu szwedzkiego, które nie zostały w pełni zlikwidowane.