Klimat jest kontynentalny. Najzimniejszym miesiącem jest luty, a najcieplejszym lipiec. W wąwozie rzeki Cejadon na wysokości 1750 metrów średnia miesięczna temperatura w lutym wynosi -9°С, w lipcu +13°С.
Flora Ze względu na górski charakter obszaru roślinność ma tu układ piętrowy. Lasy w rezerwacie rosną w większości na zboczach niskich pasm: Skalistego i Pastwiskowego. Wyższe pasma: Boczne i Główne zajmują w większości łąki subalpejskie oraz piętro turniowe i lodowce.
W dolinach rośnie przeważnie olsza szara. Na północnych zboczach niskich pasm występują lasy bukowo-grabowe. Powyżej zastępują je lasy brzozowe i klonowe. Na południowych zboczach tych pasm rosną lasy dębowe, leszczynowe, sosnowe z domieszką dębu bezszypułkowego.
Na stromych zboczach Pasma Bocznego rośnie głównie Рinus kochiana, Betula litwinowii, a także brzoza Raddego Betula raddeana.