W młodości Masaryk uczył się w szkole powszechnej, a następnie wskutek nalegań ojca terminował jako ślusarz i kowal. Od jesieni 1865 roku, po zdaniu egzaminów wstępnych, Tomáš Masaryk rozpoczął naukę w gimnazjum Brna. Został jednak wydalony z gimnazjum i w 1869 przeniósł się do Wiednia. Dzięki wstawiennictwu jednego ze swych nauczycieli uzyskał zgodę na dalsze kształcenie i w 1872 zdał maturę. W 1876 roku ukończył studia na Uniwersytecie Wiedeńskim (na kierunku filozofia), gdzie był uczniem Franza Brentano. W 1876 obronił pracę doktorską nt. Istota duszy według Platona pod kierunkiem Franza Brentano. Następnie kontynuował studia w Lipsku, gdzie zetknął się z Gustavem Theodorem Fechnerem i młodym Edmundem Husserlem. Uczył się m.in. u Wilhelma Wundta. Habilitował się pracą na Uniwersytecie Wiedeńskim w 1878 r. W młodości żywo interesował się kulturą polską i nauczył się języka polskiego. W dyskusjach z rodakami pozytywnie nastawionymi do Rosjan, brał stronę polską. Postrzegał Polskę i Polaków jako ofiary imperializmu rosyjskiego. Z czasem jego stosunek do Polski się zmienił. Doszedł do wniosku, że Polacy, z gruntu konserwatywni i autorytarni, chętnie z ofiary stają się prześladowcą, gdy tylko nadarzy się ku temu okazja.