Nie opowiadał się wówczas za czeską niezależnością od Austro-Węgier.
Gdy wybuchła I wojna światowa, zmuszony był do opuszczenia kraju, ponieważ groziło mu aresztowanie i oskarżenie o zdradę. Udał się do Genewy, potem do Włoch i Wlk. Brytanii, gdzie rozpoczął agitację na rzecz niepodległości. Został wykładowcą na King’s College w Londynie, zajmując się badaniami słowiańskimi i „problemami małych ludów”. W 1916 roku pojechał do Francji, aby przekonać tamtejszy rząd o konieczności dezintegracji monarchii austro-węgierskiej. Po rewolucji lutowej 1917 roku wyjechał do Rosji, gdzie pomagał w organizowaniu słowiańskich oddziałów oporu przeciwko państwom centralnym, nazywanych Legionem Czechosłowackim.
W 1918 roku odbył podróż do Stanów Zjednoczonych, gdzie spotkał się z prezydentem Woodrowem Wilsonem. W USA agitował za niepodległością Czechosłowacji w takich granicach, aby jego kraj uznać za nację szczególną. 18 października 1918 roku Masaryk, stojąc na stopniach waszyngtońskiego Kapitolu, proklamował niepodległość Czechosłowacji. Po miesiącu wrócił do ojczyzny.
Prezydent