Uważał, że konflikty polsko-niemiecki i polsko-sowiecki są tylko kwestią czasu. Zarazem był przekonany, że granice Czechosłowacji są trwale zabezpieczone dzięki sojuszom z Francją i Anglią. Wykluczał ewentualny sojusz z II Rzeczpospolitą, która po przewrocie majowym szła ku autorytaryzmowi. Zgodnie z planami Masaryka demokratyczna Czechosłowacja, z poparciem Francji i USA miała być środkowoeuropejskim hegemonem. Z jego perspektywy niepodległa Polska stanowiła największą przeszkodę w dążeniu do tego celu. Dlatego Masaryk torpedował propozycje i próby nawiązania współpracy z Polską, inicjowane przez Warszawę i kręgi wojskowe Czechosłowacji, świadome zagrożenia ze strony Niemiec. W 1930 r. wywołał skandal polityczny dotyczący korytarza z Niemiec do Prus, z którego się później wycofał. Uważał jednak, że Polska powinna zgodzić się na rewizję granic z Niemcami, dla dobra pokoju w Europie. Trzy lata później, po dojściu Hitlera do władzy, odrzucił propozycje sojuszu wojskowego z Polską, a czescy dyplomaci ostrzegli Berlin o „polskiej intencji przeprowadzenia akcji militarnej w rejonie wschodniej granicy Niemiec”, czyli o planowanej wtedy przez Piłsudskiego tzw. wojnie prewencyjnej. Zamiast sojuszu z Polską Masaryk przystąpił do zaproponowanego sojuszu z Benito Mussolinim tzw.