Rodzina W 1878 r. Masaryk poślubił Charlotte Garrigue, amerykańską protestantkę, od której przejął jeden z członów swego nazwiska. Charlotte zmarła w 1923 roku na nieznaną chorobę. Mieli pięcioro dzieci: Alice (ur. 1879) – działaczkę na rzecz praw kobiet, pierwszą przewodniczącą Czechosłowackiego Czerwonego Krzyża, Herberta (ur. 1880) – malarza impresjonistę, ilustratora. Zmarł na tyfus w czasie I wojny światowej, którym zaraził się pomagając uchodźcom wojennym z Galicji. Jana (ur. 1886) – dyplomatę, ministra spraw zagranicznych w czechosłowackim rządzie na uchodźstwie (1940–1945), a następnie krajowym w latach 1945–1948, Eleonorę (ur. 1890) – zmarła w dzieciństwie, Olgę (ur. 1891) – współpracowniczkę ojca na emigracji.
thumb|Grób rodziców Masaryka w Hustopečach
Filozofia i religia Masaryk jako filozof był zdecydowanym zwolennikiem racjonalizmu i humanizmu. Skupiał się na etyce praktycznej, co było wyrazem wpływu, jaki wywarli na niego filozofowie anglosascy. Sprzeciwiał się natomiast niemieckiemu idealizmowi i marksizmowi. Oficjalnie był członkiem wspólnoty Braci czeskich, choć nosił się nawet z założeniem własnej religii.
Masaryk jako historyk filozofii