Dwie wiosny Jana Parandowskiego, 1929). W latach 1913–1927 wydał trzy tomy „Studia Leopolitana”.
Pochowany na cmentarzu Powązki Wojskowe w Warszawie (kwatera A-11-1)Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze.
Uczniowie Do grona jego studentów należeli m.in. Andrzej Gawroński, Tadeusz Kotarbiński, Franciszek Smolka, Jan Smereka, Andrzej Kuś, Jan Parandowski. Witkowski miał opinię sumiennego wykładowcy i wyjątkowo surowego egzaminatora.
Publikacje Z prac Stanisława Witkowskiego można wymienić: Jan z Wiślicy. Jego życie i pisma (1891) Stosunek „Szachów” Kochanowskiego do poematu Vidy „Scacchia ludus” (1892) Homer i Troja (1893) Nowo odkryty poeta grecki Herondas i jego utwory (1893) Życie greckie w Egipcie w epoce Ptolemeuszów według papirusów greckich (1893) Nowe odkrycia w dziedzinie muzyki greckiej (1895) Prodromus grammaticae papyrorum Graesarum aetatis Lagidarum (1895) Udalryk Wilamowitz-Moellendroff i działalność w zakresie filologii starożytnej (1895) Ad Herodam (1896) Sofoklesa „Antygona” a Shelleya „Rodzina Cencich” (1904) Istota powstania Koine (1905) Autorowie greccy, znalezieni po roku 1891 (1910) O pisownię wyrazów obcych.