Niedługo później Frusciante za sprawą swojego nauczyciela gry na gitarze zainteresował się zespołem Red Hot Chili Peppers.
Starał się naśladować grę takich wirtuozów gitary jak: Jeff Beck, Jimmy Page i Jimi Hendrix (naukę rozpoczął w wieku jedenastu lat). Gdy opanował grę dźwięków bluesowych, odkrył twórczość Franka Zappy, którego muzyki uczył się godzinami. Zakończył edukację w wieku szesnastu lat, po zdaniu matury. Przy wsparciu rodziców zamieszkał samodzielnie w Los Angeles w celu rozwijania swojego talentu muzycznego. Zaczął studiować w Musicians Institute w Hollywood, jednak szybko rzucił lekcje, gdyż zdał sobie sprawę, że nie poświęca uwagi wskazówkom nauczycieli.
1988–1992: Red Hot Chili Peppers Na pierwszy koncert Red Hot Chili Peppers Frusciante wybrał się w wieku piętnastu lat. Jego idolem stał się Hillel Slovak – Frusciante poznał wszystkie akordy i partie solowe Slovaka z pierwszych trzech albumów Red Hot Chili Peppers, zaznajomił się osobiście z gitarzystą – rozmawiali dwa razy po koncertach, na krótko przed śmiercią Slovaka w wyniku przedawkowania narkotyków. Slovak zadał Frusciantemu pytanie:
Frusciante odpowiedział:
Frusciante napisał w pamiętniku wydanym na początku XXI wieku: