Flea i Kiedis przesłuchali gitarzystę i jednogłośnie ogłosili go nowym gitarzystą grupy. Gdy Flea poinformował muzyka o jego przyjęciu, ten był podekscytowany – zaczął biegać dookoła swojego domu krzycząc, a następnie skoczył na ścianę zostawiając na niej ślad swoich butów. W tym czasie Frusciante był bliski podpisania kontraktu z zespołem Thelonious Monster (grał z tym zespołem przez dwa tygodnie), jednak zgoda na występy z Red Hot Chili Peppers spowodowała zmianę planów.
Kilka tygodni po przyjściu do zespołu Peligro został wydalony z grupy z powodu uzależnienia od narkotyków. Niedługo potem do zespołu dołączył nowy perkusista, Chad Smith. Grupa w nowym składzie zaczęła nagrywać materiał na album Mother’s Milk. W czasie nagrywania Frusciante skupił się na naśladowaniu stylu gry Slovaka, nie wprowadził swojego sposobu gry na gitarze. Producent albumu Michael Beinhorn sprzeciwił się takiemu stylowi i zmusił gitarzystę do grania muzyki o heavymetalowym brzmieniu, którego zdaniem producenta brakowało na trzech poprzednich albumach. Frusciante i Beinhorn przez długi czas walczyli o styl grania na gitarze i o ogólne brzmienie albumu. Wreszcie Frusciante ustąpił i koncepcja producenta zwyciężyła, gdyż jak powiedział Frusciante: