Początkowo pracował jako wikariusz parafii katedralnej Matki Boskiej Różańcowej w Buffalo. W 1947 został oddelegowany przez biskupa Jana Jasińskiego do Kanady, gdzie objął probostwo w parafii św. Jana Chrzciciela w Toronto. W ramach prowadzonej przez siebie misji współorganizował parafie PNNK w: Hamilton, Montrealu, Oshawa, Oakville, Scarborough i Walland. W 1958 został mianowany członkiem Rady Głównej PNKK, a w 1961 – administratorem senioratu kanadyjskiego diecezji Buffalo-Pittsburgh. W 1967 na XII Synodzie PNKK w Manchester został wybrany, a w 1968 konsekrowany w Scranton pierwszym biskupem diecezji kanadyjskiej PNKK.
Od 1953 Józef Niemiński uzupełniał wykształcenie akademickie. Studiował filozofię, teologię, historię starożytną i grekę klasyczną na University College i Anglican Trinity College w Toronto. Odbył także studia z zakresu teologii starokatolickiej w Warszawie. W 1981 na Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej uzyskał stopień naukowy doktora na podstawie dysertacji o biskupie Leonie Grochowskim.