9 września 1992 roku USS „Shiloh” przybył do bazy w której miał stacjonować, Naval Station San Diego, w San Diego. Swoją pierwszą półroczną misję rozpoczął w kwietniu 1994 roku. 14 maja 1996 roku, okręt opuścił swoją bazę macierzystą i wszedł na pół roku w skład lotniskowcowej grupy bojowej, której głównym komponentem był USS „Carl Vinson”. Wchodząc w skład tej grupy okrętów, 3 września, w ramach operacji Desert Strike wystrzelił 14 pocisków manewrujących BGM-109 Tomahawk, których celem były irackie systemy obrony przeciwlotniczej. W lipcu 1998 roku okręt wchodząc w skład lotniskowcowej grupy bojowej tworzonej przez USS „Abraham Lincoln”, rozpoczął kolejną misję w rejonie Zatoki Perskiej.
24 września 1999 roku w ramach testów na poligonie w pobliżu Hawajów, wystrzelił pocisk antybalistyczny SM-3. Celem testu było sprawdzenie działania dwóch pierwszych stopni pocisku. Dalsza część testowania pocisków SM-3 prowadzona była z wykorzystaniem krążownika USS „Lake Erie”. W czerwcu 2000 roku USS „Shiloh” wziął udział w manewrach Pacific Blitz w pobliżu Hawajów, podczas których jego systemy radarowe dostarczały informacje innym jednostkom o zagrożeniu ze strony pocisków balistycznych.