Przez kilka lat jako pomniki budowy zostały słupy estakady przyszłej trasy nad ulicami Kasprzaka i Wolską oraz prawie gotowy wiadukt nad ulicą Górczewską. Za ul. Górczewską w stronę Powązek trasa była planowana, ale praktycznie budowy na tym odcinku nie prowadzono.
Planowano także połączenie arterii z ulicą Zygmunta Krasińskiego.
W 1997 wznowiono prace nad budową alei Prymasa Tysiąclecia, poszerzono i udrożniono tunel przy Dworcu Zachodnim (obecnie dostępne są 3 pasy w każdym kierunku), a w listopadzie 2000 oddano trasę do użytku.
Po stronie Ochoty część dawnej ulicy Bema na osi tunelu (obecnie al. Bohaterów Września) również pozostała na uboczu, gdyż przedłużenie trasy skierowano w ulicę Bitwy Warszawskiej 1920 r. (d. Wery Kostrzewy).
Aleja w latach 2000Rozporządzenie Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej z dnia 5 lipca 2000 r. w sprawie ustalenia przebiegu dróg krajowych w Warszawie ()–2013Rozporządzenie Ministra Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej z dnia 27 września 2013 r. w sprawie pozbawienia dróg kategorii dróg krajowych () na odcinku od ulicy Kasprzaka do ronda Zesłańców Syberyjskich była częścią miejskiego odcinka drogi krajowej nr 2 i trasy europejskiej E30.