Kolejnych trzech rajdów Burns jednak nie ukończył. Z Rajdu Grecji odpadł na skutek awarii turbosprężarki, a z Rajdu Nowej Zelandii – z powodu awarii układu mechanicznego. Z kolei na 11. odcinku specjalnym Burns miał wypadek. Jego Subaru dachowało. Burns nie doznał obrażeń, a jego pilot Robert Reid miał lekki uraz karku. Burns stracił prowadzenie w mistrzostwach, a na podium stanął dopiero w listopadzie, w Rajdzie Australii. Dojechał na trzecim miejscu, jednak zwycięzca rajdu, Tommi Mäkinen, został zdyskwalifikowany z powodu nieprzepisowej turbosprężarki. Ostatecznie rajd wygrał Marcus Grönholm, a Burns był drugi. Ostatni rajd w sezonie 2000, Rajd Wielkiej Brytanii, Burns wygrał, jednak Grönholm przyjechał w nim na drugim miejscu. Fin został mistrzem świata, a Burns wywalczył wicemistrzostwo ostatecznie zdobywając 5 punktów mniej w klasyfikacji generalnej. Za rok 2000 Burns otrzymał nagrodę International Rally Driver of the Year w plebiscycie czasopisma Autosport.