Ostatecznie nie doszło od przekazania zbiorów archiwum ŻIH do Głównej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich – przejęciu uległy jedynie depozyty archiwalne dotyczące II wojny światowej przechowywane w archiwum Instytutu.
Po tych wydarzeniach działalność placówki została znacznie ograniczona, jednak nie została formalnie zlikwidowana. Stabilizację ŻIH w pewnym stopniu zapewniło powołanie 11 VI 1969 r. Rady Naukowej Instytutu, którego przewodniczącym został prof. Stanisław Herbst. Dla ŻIH początek lat 70. to czas ostrego kryzysu kadrowego. ŻIH niemal całkowicie odszedł wtedy od problematyki Zagłady. Determinacja i dobre ogólne wykształcenie pracowników pozwoliły jednak przetrwać Instytutowi i zaowocowały pracami badawczymi nad historią okresu staropolskiego, XIX wieku i żydowskiego ruchu robotniczego.
Na przełomie lat 70. i 80. ŻIH próbował zaktywizować działalność poprzez nawiązanie współpracy z placówkami naukowymi, głównie z Instytutem Historii Polskiej Akademii Nauk. W 1979 roku utworzono Dział Dokumentacji Odznaczeń Jad Waszem, a w 1991 roku Dział Dokumentacji i Informacji Naukowej, późniejszy Dział Dokumentacji Zabytków.