Na południu władzę objął rząd proamerykańskiego Li Syng Mana. 20 lipca 1948 roku Li został wybrany przez tamtejsze Zgromadzenie Narodowe na prezydenta Korei Południowej. Politycy z północnej części kraju odmówili udziału w zorganizowanych przez ONZ wyborach z 1948 roku, mających wyłonić władze całej Korei. W 1948 na wyspie Czedżu wybuchło zbrojne powstanie, a sytuacja w kraju stawała się coraz bardziej niestabilna. Li rozpoczął próbę stabilizacji kraju drogą likwidacji opozycji względem jego rządów – do więzień trafiło ponad 30 tys. domniemanych komunistów i około 300 tys. podejrzanych o sympatyzowanie z komunistami lub jakimikolwiek grupami opozycyjnymi.
Destabilizacja Południa i coraz większa chęć zjednoczenia kraju przez Koreę Północną doprowadziły w 1950 roku do inwazji wojsk północnokoreańskich na tereny Południa. Oddziały Północy szybko pokonały szereg oddziałów Południa i zdobyły Seul. Rząd Południa zwrócił się z pomocą do ONZ, które zgodziło się wysłać do Korei oddziały wojskowe (głównie amerykańskie), które wsparły siły południowe w walce z Północą. Interwencja oddziałów ONZ nie przyniosła spodziewanych rezultatów na skutek włączenia się do wojny Chin, które wsparły komunistów koreańskich. Rozejm został podpisany w 1953 roku przez przedstawicieli Korei Północnej, Chin Ludowych oraz ONZ.