Wybór ten musiał jednak każdorazowo uzyskać akceptację niemieckiego starosty (Kreishauptmann) lub burmistrza (Stadthauptmann), co sprawiało, że wybieralność Judenratów była w praktyce fasadowa.
Na ziemiach polskich wcielonych do Rzeszy również przyjęto zasadę, iż rady żydowskie na obszarach wiejskich będą podlegać starostom (Landräte), a w miastach – burmistrzom (Bürgermeister). SS nie zamierzało jednak zrzekać się decydującego głosu w „kwestii żydowskiej”, stąd podejmowało zabiegi, by wydrzeć kontrolę nad Judenratami z rąk administracji cywilnej. Ostatecznie policja bezpieczeństwa otrzymała pełnię władzy w sprawach żydowskich wiosną 1942 roku, wraz z rozpoczęciem fizycznej eksterminacji Żydów.
Barbara Engelking podkreśla, że powołanie Judenratów odegrało początkowo rolę stabilizującą. Utworzenie żydowskich „zwierzchnictw”, do których władze niemieckie mogły się zwracać ze swoimi żądaniami, spowodowało bowiem ograniczenie praktyk z pierwszych tygodni okupacji, kiedy to niemieckie działania wymierzone w ludność żydowską charakteryzowały chaos i zupełna samowola. Rzadsze stały się m.in. uliczne łapanki.