Wystrój świątyni to głównie ołtarz wykonany przez niemieckiego artystę z pochodzenia z Rekowa z okolic Bytowa profesora Gerda Winera, który również został sponsorem całego prezbiterium. Sam ołtarz jest nowatorski, Składa się z pięciu kwadratów zawierających symbolikę starochrześcijańską. Barwy również nie są przypadkowe: niebieski symbolizuje niebo i Maryję, żółty i biały symbolizuje czystość, doskonałość i czerwony symbolizuje miłość i męczeństwo. W tej kolorystyce są zawarte również typowe kolory kaszubskie. Nad ołtarzem kamiennym zawieszony jest krzyż, który przedstawia postać Chrystusa zjednoczoną z ofiarą krzyżowej śmierci. W samym ołtarzu są również kwadraty symbolizujące Patrona kościoła i Maryję. Litery FN i ogromne serce symbolizują stygmat Ducha Świętego, który otrzymał św. Filip Neri w czasie modlitwy w katakumbach. Drugi z kwadratów przedstawia symbolikę Maryi z napisem: Maria. Pionowe kwadraty symbolizują Trójcę Świętą. W prezbiterium są zawieszone dwa obrazy: po stronie lewej św. Filipa Neri, natomiast po prawej Matki Bożej Częstochowskiej. Z prawej strony świątyni w małych wnękach umieszczone są obrazy św. Jana Pawła II, Jezusa Miłosiernego i św. Katarzyny Aleksandryjskiej – Patronki Miasta Bytowa. W świątyni umieszczona jest również kaplica poświęcona św.