Kościół wraz z przyległym szpitalem leżał przy głównym szlaku komunikacyjnym idącym przez miasto. Znajdował się na przedmieściach od strony północnej, na dawnej ulicy Starowarszawskiej, w pobliżu mostu „wielkiego” i Bramy Toruńskiej. Kościół i szpital położone były bezpośrednio nad Wartą. Najprawdopodobniej znajdowały się na dzisiejszym terenie dawnej fabryki ZREMB, gdzie widać go na mapie Koła z końca XVIII wieku. Kościoła nie można zidentyfikować na najstarszym widoku Koła z XVII wieku z kroniki Samuela von Pufendorfa, możliwe jednak, że widać na nim jedynie jego wieżę.

18 grudnia 1441 roku arcybiskup Wincenty Kot mianował na stanowisko rektora kolskiej kaplicy bożogrobca Mikołaja. Według dokumentu była to najprawdopodobniej niewielka, jednonawowa świątynia. W 1461 roku zakon bożogrobców toczył spór z burmistrzem i rajcami miejskimi o prawo patronatu nad szpitalem św. Ducha, a sprawa ta trafiła aż do Roty Rzymskiej. Według liber beneficiorum Jana Łaskiego kościół znajdował się później pod patronatem rady miejskiej, należy więc przypuszczać, że wyrok sądu okazał się dla zakonu bożogrobców niepomyślny.