W latach 2001–2009 pełnił funkcję zastępcy dyrektora do spraw Nauki i Rozwoju w Instytucie Architektury i Urbanistyki Politechniki Łódzkiej, od 2009 pełni funkcję dyrektora.
Marek Pabich od 2002 należy do Izby Architektów RP. W latach 2003–2006 był członkiem Sekcji Architektury Komitetu Architektury i Urbanistyki PAN, od 2007 należy do Łódzkiego Towarzystwa Naukowego (jest członkiem zarządu), od 2016 jest członkiem Komitetu Architektury i Urbanistyki PAN, a od 2011 jest członkiem Społecznej Grupy Ekspertów przy Prezydencie Miasta Łodzi. Ponadto był sędzią konkursowym międzynarodowych konkursach studenckich JACOBUS, w konkursach architektonicznych na projekty: Nowego Muzeum Śląskiego, Ośrodka Dokumentacji Sztuki Tadeusza Kantora – Cricoteka w Krakowie, Mazowieckiego Centrum Sztuki Współczesnej Elektrownia w Radomiu, Specjalnej Strefy Sztuki w Łodzi, Akademickiego Centrum Sportu Politechniki Łódzkiej, Muzeum Narodowego w Krakowie.