Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World uznają ten takson za gatunek monotypowy.
Etymologia Rattus: „szczur”. mindorensis: Mindoro, Filipiny.
Morfologia Wymiary dla holotypu podane przez Thomasa: długość ciała (bez ogona) 190 mm, długość ogona 163 mm, długość tylnej stopy 32,5 mm; wymiary dla taksonu picinus podane przez Hollistera: całkowita długość ciała 205 mm, kręgi ogonowe 100 mm, długość tylnej stopy 28 mm; brak szczegółowych danych dotyczących masy ciała. Szczur mindorski jest średniej wielkości szczurem i jest bardzo podobny do szczura malajskiego (R. tiomanicus). Futro jest miękkie, gęste i krótkie. Grzbiet jest koloru ciemnego lub czarno-brązowego, podkreślony kasztanowymi odcieniami oraz pokryty krótkimi, czarnymi włosami ochronnymi. Strona brzuszna jest ciemno-szara, z bladym płowożółtym odcieniem, chociaż u niektórych osobników spód jest ciemnoszary: spód ciała nie jest wyraźnie oddzielony od grzbietu. Stopy są u góry czarne, z nieco jaśniejszymi palcami. Uszy są krótkie i pokryte drobnymi włosami, z kępą ciemniejszych włosów wokół nich: włosy czuciowe są długie. Ogon stanowi około 86% długości ciała, jest prawie nagi i jednobarwny, w kolorze czarnym. Czaszka jest bardzo podobna do czaszki szczura melajskiego.