Windows CE 5.0 Wydany w lipcu 2004. Ta wersja systemu nie posiada Microsoft Office, ani WordPada. W systemie w wersji Professional zawiera jedynie przeglądarkę Internet Explorer i program Windows Media Player 9. Instalowany jest na nielicznych palmtopach oraz na większości urządzeń nawigacji samochodowych, które nie są seryjnie instalowane w samochodach.
Od tej wersji system przestał obsługiwać Direct3D (SYSGEN_DIRECT3D). Wszystkie aplikacje i sterowniki korzystające z tej technologii muszą zostać przeportowane na Direct3D Mobile. System również przestał wspierać DirectSound. Wszystkie aplikacje korzystające z tej technologii muszą zostać przeportowane na WaveformWindows CE 5.0 Removed Functionality..
Windows CE 6.0 Zrealizowany we wrześniu 2006 roku. Nazwa kodowa „Yamazaki”. zwiększono przestrzeń adresową procesu z 32 MB do 2 GB, dano możliwość uruchomienia 32 768 procesów (w porównaniu z 32 w wersji 5.0), zwiększono wydajność funkcji systemowych, Device.exe, filesys.exe, GWES.exe przeniesiono do Trybu Jądra. dodano obsługę 512 MB pamięci fizycznej, sterowniki posiadają dwa tryby: jądra i użytkownika.