Inaczej niż w przypadku Al-Kindiego, działalność Al-Farabiego ma charakter o wiele bardziej filozoficzny niż przyrodniczy. Uchodził za najwybitniejszego znawcę filozofii greckiej wśród filozofów muzułmańskich. Mniej niż Al-Kindi koncentrował się na próbach uzasadnienia wiedzy faktograficznej za pomocą logiki i metafizyki oraz na próbach uzgodnienia ich z religią objawioną, a bardziej pragnął uprawiać je w postaci czystej, dla nich samych. Za naczelne zadanie postawił sobie udoskonalenie metody zdobywania wiedzy za pomocą logiki. W Wyliczeniu nauk Al-Farabi przedstawił muzułmańską koncepcję stosunku filozofii i nauki, przejawiającą się w systemie klasyfikacji nauk. Podzielił całość wiedzy na pięć części: naukę o języku, logikę, matematykę (w tym geometrię, optykę, astronomię, geografię, muzykę), fizykę i metafizykę oraz politykę, prawo i teologię. Jego encyklopedia stanowi więc sumę całej wiedzy dostępnej za czasów Al-Farabiego świata islamskiemu, a właśnie poszukiwanie wiedzy samej dla siebie uznał Al-Farabi za naczelne zadanie filozofii. Al-Farabi uznając, że istnieje tylko jedna prawda i tylko jedna prawdziwa wiedza filozoficzna, twierdził, że prawda ta przenika w jednym stopniu wszystkie dziedziny wiedzy.