Opłacie podlega również zmiana zezwolenia na świadczenie usług w charakterze krajowej instytucji płatniczej. Opłata za zmianę wynosi równowartość w walucie polskiej kwoty 400 euro. Opłata w niektórych przypadkach nie będzie jednak pobierana. Dotyczy to w szczególności sytuacji, gdy zmiana zezwolenia dotyczy wyłącznie ograniczenia rodzaju usług płatniczych.
Na krajowej instytucji płatniczej spoczywa obowiązek zawiadomienia Komisji Nadzoru Finansowego o każdej zmianie danych uwidocznionych w rejestrze oraz przesyłania do Komisji Nadzoru Finansowego (w terminie 14 dni od uzyskania informacji o zmianie) wniosku o dokonanie zmiany tych danych. Wpis podlega opłacie, a o wysokości opłaty i numerze rachunku organ informuje pisemnie wnioskodawcę po dokonaniu wpisu do rejestru.
Uprawnienia KIP Krajowa instytucja płatnicza może świadczyć wszystkie lub wybrane usługi płatnicze wskazane w ustawie. Są to usługi polegające na: