Po kapitulacji Helu 2 października 1939, okręt został zdobyty w porcie przez Niemców. Następnie, „Czajka” została wcielona do niemieckiej marynarki (Kriegsmarine) pod nazwą „Westerplatte”. Służyła tam początkowo jako trałowiec, potem jako okręt pomocniczy. Od sierpnia 1943 okręt służył jako poławiacz torped (Torpedofangboot) z oznaczeniem: TFA 11. Przetrwał wojnę i razem z 3 innymi dawnymi polskimi trałowcami (ORP Mewa, ORP Żuraw, ORP Rybitwa) wszedł w skład rezerwowego zespołu niemieckiej służby trałowej. Okręty te zostały następnie odnalezione przez władze polskie w Travemünde i rewindykowane. 25 stycznia 1946 jeszcze w Travemünde okręt podniósł ponownie polską banderę i przywrócono mu nazwę ORP „Czajka”.
Po uzbrojeniu i wyposażeniu w Kilonii, 12 marca 1946 „Czajka” z pozostałymi trałowcami powróciła do Gdyni, gdzie zostały wcielone do Flotylli Trałowców, tworząc 1. dywizjon. Okręt nosił wówczas znak burtowy: CJ, zmieniony później na: CK. Od 1 czerwca 1947 roku okręt wszedł w skład Szczecińskiego Obszaru Nadmorskiego, gdzie pełnił służbę jako trałowiec.