1 października 1998 w Teatrze Wielkim w Warszawie odbyła się prapremiera Requiem dla mojego przyjaciela (ponownie z udziałem Elżbiety Towarnickiej). Początkowo miało stanowić narrację do kolejnego scenariusza Piesiewicza, ale po śmierci Kieślowskiego stało się dziełem poświęconym pamięci zmarłego. Wkrótce potem ukazał się album: pierwsza niefilmowa płyta Preisnera. W 1999 roku Preisner napisał 10 łatwych utworów na fortepian, które następnie ukazały się na płycie w wykonaniu Leszka Możdżera. W tym samym roku powstał album Moje kolędy na koniec wieku, na którym znalazła się między innymi znana Kolęda dla nieobecnych z tekstem Szymona Muchy.
W 2006 roku wystąpił z orkiestrą wraz z Davidem Gilmourem w koncercie w Gdańsku w 2016 roku wystąpił wraz z orkiestrą NFM z Davidem Gilmourem we Wrocławiu #.
W 2005 został odznaczony Złotym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”, wręczenie medalu odbyło się w 2013.
Został członkiem komitetu poparcia Bronisława Komorowskiego przed przyspieszonymi wyborami prezydenckimi 2010 i przed wyborami w 2015. Postanowieniem z 24 kwietnia 2012 „za wybitne zasługi dla polskiej i światowej kultury, za osiągnięcia w pracy twórczej i artystycznej” został przez prezydenta RP Bronisława Komorowskiego odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.